Заповедник основан в 1935-м году с целью разработки методов сохранения, восстановления и рационального природопользования экологических систем долины Хопра. Другой важнейшей задачей заповедника явилось сохранение и восстановление популяции Русской Выхухоли.
Заповедник находится в юго-восточной части Окско-Донской низменности, в долине реки Хопер. Территориально расположен в восточной части Воронежской области в пределах трех административных районов: Новохоперского, Поворинского и Грибановского.
Территория заповедника вытянута на 50 км вдоль реки Хопер с севера на юг, ширина заповедного массива колеблется от 1,5 до 9 км. Общая площадь заповедника составляет 16,2 тыс. гектаров
Около 80 % площади заповедника покрыто лесами, среди которых преобладают пойменные и нагорные дубравы 80-100-летнего возраста. Уникальны черноольшаники возрастом 70-90 лет. На правом берегу Хопра сохранились участки степи. Значительные площади заняты лугами.
Будучи расположенным в пойме р. Хопер, в паводок затапливается примерно 80% территории, что определяет характер развития природных комплексов в пойме. На заповедной территории расположено около 400 озер и стариц
Из 600 видов птиц России, в Хоперском заповеднике и его окрестностях обитает 326, из них 23 вида внесено в Красную книгу РФ, в том числе орлан-белохвост, сапсан, скопа, часто зимуют беркут и могильник, на пролете встречаются дрофа и стрепет.
Представьте себе нечто продолговатое, покрытое серебристой шерстью, с одного конца торчит длинный подвижный хоботок, с другой - сплющенный с боков чешуйчатый хвост... У этого существа маленькие глаза и слабое зрение, но слух хороший, несмотря на отсутствие ушных раковин. При погружении в воду ушные щели механически закрываются, а на носовых отверстиях замыкаются специальные клапаны. Примерно так выглядит русская выхухоль (хохуля) - редкое животное, которое Вы не встретите больше нигде на Земле, кроме как в России. Этих животных называют живыми ископаемыми, ровесниками мамонта - ученые утверждают, что выхухоль почти не изменилась за последние 40 миллионов лет! Как и миллионы лет назад, это чудо с хоботом живет в поймах рек и по берегам озер, только вот стало его в наши дни гораздо меньше.
Увидеть выхухоль нелегко: она очень осторожна, и лишь рано утром или вечером настойчивый наблюдатель, если повезет, заметит торчащий из воды хоботок или голову высунувшегося подышать зверька. Жилая нора выхухоли имеет стойкий мускусный запах. Выделяется этот резкий запах скоплением мускусных желез, расположенных в основании хвоста. До третьей четверти XVII века выхухоль добывали только из-за мускусного запаха. На Руси высушенными выхухолевыми хвостами перекладывали белье в комодах, а позднее секрет мускусных желез стал применяться в парфюмерном производстве как закрепитель запаха дорогих духов. Только потом люди оценили мех выхухоли, что, конечно, привело к печальным последствиям для вида.
Норы играют в жизни выхухоли большую роль. Сложные и длинные (более 10 м) гнездовые норы выхухоль делает по пологим берегам озер, где гнездовая камера находится в верхних горизонтах берега. На крутых берегах такие норы по устройству бывают очень просты и достигают в длину 4 м. Запасные норы представляют собой один короткий ход с камерой и влажной подстилкой. Здесь зверьки поедают добычу, отдыхают, а зимой пополняют запасы воздуха при передвижении подо льдом. Основная пища выхухоли - моллюски, насекомые и их личинки. У уреза воды можно найти "кормовые столики" зверька с остатками раковин прудовиков, лужанок.
У выхухоли довольно много врагов, которые уничтожают самих зверьков или разрушают их норы - лисица, енотовидная собака, выдра, горностай, хорек, бродячие собаки и кошки. Но наибольшее давление оказывают акклиматизированные "чужаки" - американская норка и ондатра, численность которых сейчас значительна. Испортить жизнь также может кабан, домашний скот. Из птиц к врагам выхухоли относятся болотный лунь, черный коршун, скопа, беркут, большой подорлик, филин, серая неясыть, а также серая ворона и сорока. И даже под водой ей приходится опасаться щуки и сома.
Особого внимания заслуживают взаимоотношения выхухоли и бобра. Выхухоль извлекает большую пользу из такого сожительства, используя бобровые постройки в качестве своих убежищ и безопасных путей передвижения. Однако и для популяции бобров эти отношения небесполезны. Некоторые виды брюхоногих моллюсков служат основным кормовым объектом выхухоли. Они же являются промежуточными хозяевами трематоды, вызывающей у бобров опасное заболевание стихорхоз. Поедая моллюсков, выхухоль снижает вероятность заражения бобров этим гельминтом. При непосредственных контактах бобр и выхухоль ведут себя по отношению друг к другу неагрессивно и даже дружелюбно. В Воронежском заповеднике на бобровой ферме наблюдали, как проникшие из реки выхухоли забирались в домики бобров и иногда даже залезали на отдыхающих зверей. Совместное обитание с бобром спасает выхухоль от попадания в рыболовные сети, т.к. рыбаки избегают ставить их в районе бобровых поселений: попавший в сетку бобр безнадежно портит снасть. Выхухоль включена в Красные книги России и Международного Союза охраны природы. Сейчас численность вида в России по экспертной оценке составляет около 35 тыс. особей
Перед Вами черноольховый лес. Здесь растут вековые деревья. Ольха – удивительное дерево (ольха вырастает высотой до 35 метров, толщина ствола достигает 90 сантиметров в диаметре). Оно может расти в таких влажных условиях, в которых не растут другие деревья. Заболоченные и трудно проходимые черноольховые леса - надежное убежище птиц и зверей, любящих уединение и не терпящих присутствия человека. Черноольховые леса Хоперского заповедника считаются по возрасту и сохранности лучшими в Восточной Европе. 1800га выделено в генетический резерват – эталон ольхового леса. На корнях ольхи есть клубеньки с грибницей, усваивающей азот и обогащающей им почву, которая становится очень плодородной. Заболоченные ольховые леса поддерживают водный баланс окружающей территории. Хозяйственная деятельность человека в ольшанике (вырубка, вывоз валежника, уплотнение почвы) может привести к его вымиранию и превращение в тростниковое болото. Пройдут века и на место черной ольхи придут роскошные дубравы.