Окультуривать долину начали ещё древние инки, оценившие ей особое географическое положение и уникальные климатические условия. Благодаря удачному расположению местность эта отличалась плодородием и хорошим мягким климатом даже во времена, когда другие регионы страдали от многолетней засухи.
Считается, что именно в Священной долине Инков впервые начали выращивать картофель и именно инки додумались строить сельскохозяйственные террасы на склонах гор (поверхность выравнивали с помощью камней и затем засыпали принесённой с собой землёй).